発生医学研究所は、発生医学（ 分子遺伝学・分子生物学・細胞生物学などを基盤として発生学的視点から生命科学と医学を融合する学問領域 ）の統合的な研究推進を図ります。　本研究所は、平成21年4月(2009年4月)に発生医学研究センター［平成12年4月設置(2000年4月)］の 部門・分野を一新し、構成員を再配置して 、発展的に研究所に改組したもので、発生制御部門・幹細胞部門・器官構築部門の３部門があり、その中に12の専任分野、3つの客員分野、3つの研究担当が設置されています。本研究所の基本目標と基本方針はこちらに掲載しています。

　本研究所は、平成22年(2010年)に文部科学省の共同利用・共同研究拠点制度に基づく「発生医学の共同研究拠点」の認定を受け、平成28年(2016年)には複数の共同利用・共同研究拠点が連携する「トランスオミクス医学研究拠点ネットワーク事業」にも採択され、活発な活動を続けています。平成22年(2010年)には国立大学附置研究所・センター会議および国立大学共同利用・共同研究拠点協議会に加盟し、平成30年(2018年)から「生命医科学研究所ネットワーク国際シンポジウム」にも参加して他研究所との連携を強化しています。加えて令和2年(2020年)年には日本発生生物学会を熊本で主催します。
教育面では、文部科学省の21世紀COE「細胞系譜制御研究教育ユニットの構築」［平成14-18年度（2002-2006年度）］、グローバルCOE「細胞系譜制御研究の国際的人材育成ユニット」［平成19-23年度（2007-2011年度）］、博士課程教育リーディングプログラム「グローカルな健康生命科学パイオニア養成プログラムHIGO」［平成24-30年度（2012-2018年度）］と長期にわたって研究教育プログラムの中核組織であり、我が国と熊本大学の拠点として重要な役割を果たしています。
本研究所の躍進はいくつかの仕掛け（附属施設）に基づいています。平成24年(2012年)には「将来の医療のために臓器を創る」という目標を掲げて「臓器再建研究センター」を設置するとともに、コアファシリティーとして「リエゾンラボ研究推進施設」を立ち上げ、最新の研究機器と熟練技術支援員・事務支援員を配置し、大学院生・若手研究者・来所する共同研究者が手厚い支援のもと迅速に成果を出せる環境を整えました。さらに平成29年(2017年)には３つ目の附属施設となる「グローカルサイエンス推進施設」を設置し、国際化から産学連携までのワンストップ窓口として、国際的な共同研究と熊本・九州を中心とする産学官連携を推進しています。