支援の対象は（１）発生研の研究グループと（２）リエゾンラボ研究推進施設登録(コラボレーション)グループです。サンプルは発生医学研究に関するものを受け付けます。

 

・イルミナ社製 NextSeq500

 

【High Output】

4億シングルリード、75bp (相乗りシーケンス可)

4億ペアエンドリード 38bp ×2 (相乗りシーケンス不可)
8億ペアエンドリード、75bp×2 (要シーケンスキット持ち込み)
8億ペアエンドリード、150bp×2 (要シーケンスキット持ち込み)

 

【Mid Output】

2.6億ペアエンドリード、75bp×2 (要シーケンスキット持ち込み)
2.6億ペアエンドリード、150bp×2 (要シーケンスキット持ち込み)

 

 

*イルミナ社NextSeq500による高速シーケンス解析については、最初にお打ち合わせをした上で支援を進めます。
まずは臼杵(usu(at)kumamoto-u.ac.jp)  までメールでお問い合わせ下さい。

現在、多数の依頼をお預かりしており、ライブラリー調製込みの支援に関しては1～2か月お待ちいただいています。こちらは受託会社ではなく、あくまでも共同研究をベースとした研究支援ですので、期限を指定した依頼には応じかねます。

 

*相乗りシーケンスの場合はシングルエンド(75bp)、かつシングルインデックス(i7 Index)のシーケンスのみとなります。持ち込むライブラリーについてはi5 Indexが付加されていても構いませんが、i7 Index側は必ずユニークな配列にしてください。

 

 

支援案内はこちら (PDF  120KB)

 

・bulk RNA-Seq : ライブラリー調製＋シーケンス (申し込み様式：Excel 28KB)

・ChIP-Seq, Ampli-Seqなど断片化済みDNAからのライブラリー調製＋シーケンス (申し込み様式：Excel 24KB)

・調製済みライブラリーのシーケンス (申し込み様式：Excel 24KB)   相乗りor単独ラン

 

 

支援案内はこちら(PDF:64KB)

 

 

・ライフテクノロジーズ社製 Ion Proton
スループット（P1v2 chip）：約8Gb、リード長～200bp

 

・ライフテクノロジーズ社製 Ion PGM
スループット（318v2 chip）： 約1Gb、リード長～400bp
支援案内はこちら (PDF  80KB)

 

 

支援案内はこちら (PDF  56KB)

※対象は発生研内に限定します

 

 

次世代シーケンサー（NGS)データを用いた論文で使用されている、解析ソフトウェアを導入したLinuxサーバのリソースを提供しています。ChIP-seq,RNA-seqやsingle cell RNA-seqの解析パイプラインで使用する主なツールを導入しています。発生研内のみSSH経由でのアクセスが可能です。

利用には、最初に解析講習会への参加と利用登録が必要になります。
お問い合わせは臼杵(usu(at)kumamoto-u.ac.jp)まで。

 

主な利用可能ソフトウェア

FastQC, Trim galore!, STAR, RSEM, Bowtie2, deepTools, HOMER, MACS2, SAMtools, bedtools, cellranger等

主な生物種のリファレンス
ヒト、マウス、ショウジョウバエ、カニクイザル等（UCSC/Ensembl/NCBI/FlyBase等各種）

 

 

 

１） ヒトゲノム・遺伝子解析研究のサンプルの場合は、熊本大学大学院生命科学研究部等ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理委員会の、ヒトゲノム・遺伝子解析研究審査結果通知書のコピーを申し込み時に提出して下さい。熊本大学以外の施設で調製されたサンプルの場合、その施設での倫理審査で承認を受けたことを示す書類のコピーを提出して下さい。
２） 解析用のサンプルには続き番号だけを書き匿名化して下さい。