①我が国の発生医学分野を先導する研究教育拠点として積極的な活動を推進します。
②発生医学の基礎的研究、その応用として臓器再建をめざす研究を通して、医学・医療の発展に寄与します。
③先進的な研究環境を整備して、国際水準の先端研究を推進する中で、教育研究者や高度専門職業人など、優れた若手人材を育成します。
④大学院医学教育部博士課程の「発生・再生医学研究者養成コース」において、発生・再生医学分野を担う人材育成を恒常的に推進します。
⑤博士課程教育リーディングプログラムにおいて、アジア・日本でグローカル（グローバルかつローカル）に活躍できる健康生命科学のリーダーを育成します。

①文部科学大臣認定「発生医学の共同研究拠点」として、研究者コミュニティを支援し、国内外の共同研究を推進します。
②研究の成果や学術情報を社会に発信します。グローカルサイエンス推進施設の活動を通してバイオ関連、医療・創薬等の産業界に対して、研究成果が波及することをめざします。
③生命倫理を遵守して、各種疾患に関する検体・データの収集や解析を行い、診断・治療・予防法の開発、医学・医療の進歩に貢献します。
④国内外および地域の教育研究機関・行政・産業等の各種委員を務めることで、意見交換や提言等を行います。
⑤一般市民および研究者への知の還元や啓蒙活動として、講演会・セミナー・模擬授業・見学会・一般公開等を実施します。作成した教育コンテンツは、広く配信します。

①グローカルサイエンス推進施設の活動を通して国際シンポジウムを定期的に開催し、海外の学術機関と連携して、先端的な学術研究および国際共同研究を推進します。
②10年間の文部科学省COE事業の実績を継続的に発展させ、「発生医学の共同研究拠点」の国際化を通して、国際的に卓越した教育研究拠点を形成します。
③本学が重点を置く国際化戦略を活かして、発生研で研究する学生を海外に送り出し、留学生・研究者を積極的に受け入れ、教育・共同研究を行います。
④博士課程教育リーディングプログラムにおいて、国際・地域社会と生命科学を理解し、アジア・日本の学術・産業・行政等で活躍する健康生命科学のリーダーを育成します。
⑤本学の研究大学強化促進事業((生命科学国際共同研究拠点)と国際先端医学研究拠点施設の活動に協力します。

①男女を問わず、研究活動と育児・介護を両立させて、その能力を十分発揮できるよう、発生研主体の男女共同参画支援事業を整備・推進します。
②育児・介護休業取得を促進する経費支援、育児・介護休業取得者の復帰後支援、育児・介護期間中の支援など、被支援者の状況に合わせた事業を行います。
③発生研主体の支援事業では、本学の支援制度の対象にならない、大学院生や研究支援者を含めて支援対象とします。また、本事業の申請書は、常時受けつけます。

①熊本大学および生命科学系部局と連携して、本学の管理運営に積極的に貢献します。
②国立大学附置研究所・センター会議、国立大学共同利用・共同研究拠点協議会の構成員として、我が国の学術基盤の強化に貢献します。
③発生研運営委員会(教授会に相当)の内容に従い、発生研全体に関する管理運営を行います。また、教授懇談会、教員懇談会で適時意見交換を行います。
④発生研の共同研究拠点運営協議会(学外委員も含む)の協議に沿って、「発生医学の共同研究拠点」に関する管理運営を行います。
⑤発生研附属の臓器再建研究センター、リエゾンラボ研究推進施設およびグローカルサイエンス推進施設を積極的に活用して、先端的な研究および研究体制を拡充します。研究支援会議を開催し、恒常的に研究活性化を行います。