研究支援・各予約
高速シークエンサー解析支援

高速シークエンサーを用いたDNA配列解析の研究支援を以下の要領で行います。

対象

支援の対象は(1)発生研の研究グループと(2)リエゾンラボ研究推進施設登録(コラボレーション)グループです。サンプルは発生医学研究に関するものを受け付けます。

 

使用シークエンサー

・ライフテクノロジーズ社製 Ion Proton
スループット(P1v2 chip):約8Gb、リード長~200bp

 

・ライフテクノロジーズ社製 Ion PGM
スループット(318v2 chip): 約1Gb、リード長~400bp

 

 

・イルミナ社製 NextSeq500

 

【High Output】

4億シングルリード、75bp
8億ペアエンドリード、75bp×2
8億ペアエンドリード、150bp×2

 

【Mid Output】

2.6億ペアエンドリード、75bp×2
2.6億ペアエンドリード、150bp×2

 

 

解析内容

1) 高速シークエンシング:作成済みのlibraryを頂き配列の解読を行います。

2) ChIP-Seq : クロマチン免疫沈降(ChIP)のDNAサンプルを頂き、DNA libraryの作成と配列の解読を行います。

3) AmpliSeq : 任意(複数)のゲノムDNA配列をPCRで増幅し、増幅した配列を解読します。ゲノムDNAサンプルとプライマーセットを準備して頂き、libraryの作成と配列の解読を行います。

4) Exome Sequencing : ヒトゲノムの全エクソンをPCRで増幅し、配列を解読します。ゲノムDNAサンプルとプライマーセットを頂き、libraryの作成と配列の解読を行います。Ion AmpliSeq Exome kitを使用します。

5) RNA-seq : RNAサンプルを頂き、cDNA libraryの作成と配列の解読を行います。

6) その他のDNA、RNA配列解読についてはご相談下さい。

 

費用

利用負担金を頂きます。打ち合わせ時に費用内訳をご説明します。*NextSeq500シーケンス支援については別途ご相談ください。

 

Application(Ion Proton)
作成済みlibrary解析
Chip-Seq
AmpliSeq
Exsome解析
RNA-Seq
chip費用込み
100,000
120,000
100,000*
80,000
130,000
chip自己負担
30,000
50,000
60,000*
60,000

*primer pool×1セットの費用。以降primer poolが1セット増える毎に12000円加算

 

申し込み要領

1) 先ず打ち合わせをお願いします。打ち合わせ希望日時を下記までe-mailでご連絡下さい。折り返し担当者よりご連絡します。

連絡先: 関 丘
e-mail:tseki@kumamoto-u.ac.jp

2) 事前の打ち合わせで方法・予定と費用を確認します。申込書はメールで書式をお送りします。
3) 調製したサンプルとサンプルのデーター、記入した申込書をお持ち下さい。サンプルには番号だけを書いて下さい。サンプルの預かり書をお渡しします。
4) 解析が終了後、メールで申込者にご連絡します。指定のURLよりデーターをダウンロードして下さい。

 

ヒトゲノム・遺伝子解析研究(パーソナルゲ丿ム解析)について

1) ヒトゲノム・遺伝子解析研究のサンプルの場合は、熊本大学大学院生命科学研究部等ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理委員会の、ヒトゲノム・遺伝子解析研究審査結果通知書のコピーを申し込み時に提出して下さい。熊本大学以外の施設で調製されたサンプルの場合、その施設での倫理審査で承認を受けたことを示す書類のコピーを提出して下さい。
2) 解析用のサンプルには続き番号だけを書き匿名化して下さい。

 

依頼時に準備するサンプルとデータ *IonProtonについての記述です

原則として1回につき4サンプルまで同時に受け付けます。
サンプルの濃度は、蛍光試薬を用いるQubitか、同等の物を使用して測定して下さい。
サンプルはLowTE (10 mM Tris-HCl, 0.05 mM EDTA, pH8.0) またはnuclease-free waterに溶解し、Eppendorf DNA LoBind チューブに入れて下さい。

1) 作成済みライブラリーを解析する場合
希釈済みライブラリー:濃度26 pM、70 µL。
ライブラリー(希釈前)のバイオアナライザー、またはTapeStation解析結果。解析結果からライブラリー濃度を求め、26 pMに希釈して下さい。

2) ChIP DNAのライブラリー作成から受託する場合
ChIP DNA:1サンプルにつき、10 ng DNAを50~70 µLに溶解したもの。
Chromatin DNAフラグメント(input)の2%アガロースゲル泳動像。サイズマーカーは100 bpラダーをお使い下さい。

3) AmpliSeq
ゲノム DNA サンプル:primer pool 1セットにつき、10 ng DNAを5 µL に溶解したもの。
サンプルDNAの0.8%アガロースゲル泳動像
プライマーセット

4) AmpliSeq Exome
ゲノムDNAサンプル:1サンプルにつき50~100 ng DNAを20 µLに溶解したもの。
サンプルDNAの0.8%アガロースゲル泳動像
プライマーセット

5) RNA-Seq
Poly(A)RNA:500 ngを10 µLに溶解したもの。
rRNA-depleted total RNA:500 ngを10 µLに溶解したもの。
バイオアナライザー、またはTapeStation解析結果。RIN値を出して下さい。RIN値7以上のサンプルの解析を行います。