高速シークエンサー(NGS)を用いたDNA配列解析の研究支援を以下の要領で行います。
支援の対象は（１）発生研の研究グループと（２）リエゾンラボ研究推進施設登録(コラボレーション)グループです。サンプルは発生医学研究に関するものを受け付けます。
使用キット
P2 XLEAP-SBS Reagent Kit (100 cycles) : 4億ペアエンドリード 50 bp x 2 *標準使用・相乗り用・10xGenomicsシングルセル用
P2 XLEAP-SBS Reagent Kit (200 cycles) : 4億ペアエンドリード 100 bp x 2 *持ち込み
P2 XLEAP-SBS Reagent Kit (300 cycles) : 4億ペアエンドリード 150 bp x 2 *持ち込み
P2 XLEAP-SBS Reagent Kit (600 cycles) : 4億ペアエンドリード 300 bp x 2 *持ち込み
コストの目安はこちら
【High Output】
4億シングルリード、75bp (相乗りシーケンス可)
4億ペアエンドリード 38bp ×2 (相乗りシーケンス不可)
【Mid Output】
2.6億ペアエンドリード、75bp×2 (要シーケンスキット持ち込み)
2.6億ペアエンドリード、150bp×2 (要シーケンスキット持ち込み)
*NGS解析については、最初にお打ち合わせをした上で支援を進めます。
まずは臼杵(usu(at)kumamoto-u.ac.jp) までメールでお問い合わせ下さい。
相乗りについて (相乗り希望の際はライブラリー調製前にご相談ください)
NextSeq 1000 : 50 bp x 2 ペアエンド、かつシングルインデックス(i7 Index)のシーケンスのみとなります。持ち込むライブラリーについてはi5 Indexが付加されていても構いませんが、i7 Index側は必ずユニークな配列にしてください。
*NEBのシングルインデックス(Set 1～4)を用いる際は、Set4のみ使用禁止。
・NextSeq 1000 : 調製済みライブラリーのシーケンス (申し込み様式：Excel 24KB) 相乗りor単独ラン
・NextSeq 1000 : 調製済み10x シングルセルライブラリーのシーケンス (申し込み様式：Excel 20KB) *１サンプル/ラン
・NextSeq 1000：ライブラリー調製＋シーケンス (申し込み様式：Excel 24KB) 相乗りor単独ラン
・NextSeq 500 : ライブラリー調製＋シーケンス (申し込み様式：Excel 28KB)
・NextSeq 500 : 調製済みライブラリーのシーケンス (申し込み様式：Excel 24KB) 相乗りor単独ラン
支援案内はこちら(PDF:64KB)
・ライフテクノロジーズ社製 Ion Proton
スループット（P1v2 chip）：約8Gb、リード長～200bp
・ライフテクノロジーズ社製 Ion PGM
スループット（318v2 chip）： 約1Gb、リード長～400bp
支援案内はこちら (PDF 80KB)
※対象は発生研内に限定します
次世代シーケンサー（NGS)データを用いた論文で使用されている、解析ソフトウェアを導入したLinuxサーバのリソースを提供しています。ChIP-seq,RNA-seqやsingle cell RNA-seqの解析パイプラインで使用する主なツールを導入しています。発生研内のみSSH経由でのアクセスが可能です。
利用には、最初に解析講習会への参加と利用登録が必要になります。
お問い合わせは臼杵(usu(at)kumamoto-u.ac.jp)まで。
主な利用可能ソフトウェア
FastQC, Trim galore!, STAR, RSEM, Bowtie2, deepTools, HOMER, MACS2, SAMtools, bedtools, cellranger等
主な生物種のリファレンス
ヒト、マウス、ショウジョウバエ、カニクイザル等（UCSC/Ensembl/NCBI/FlyBase等各種）
１） ヒトゲノム・遺伝子解析研究のサンプルの場合は、熊本大学大学院生命科学研究部等ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理委員会の、ヒトゲノム・遺伝子解析研究審査結果通知書のコピーを申し込み時に提出して下さい。熊本大学以外の施設で調製されたサンプルの場合、その施設での倫理審査で承認を受けたことを示す書類のコピーを提出して下さい。
２） 解析用のサンプルには続き番号だけを書き匿名化して下さい。
