高速シークエンサーを用いたDNA配列解析の研究支援を以下の要領で行います。
支援の対象は（１）発生研の研究グループと（２）リエゾンラボ研究推進施設登録(コラボレーション)グループです。サンプルは発生医学研究に関するものを受け付けます。
・イルミナ社製 NextSeq500
【High Output】
4億シングルリード、75bp
8億ペアエンドリード、75bp×2
8億ペアエンドリード、150bp×2
【Mid Output】
2.6億ペアエンドリード、75bp×2
2.6億ペアエンドリード、150bp×2
※イルミナ社NextSeq500による高速シーケンス解析については、最初に直接お打ち合わせをした上で、支援を進めます。
まずは臼杵(usu@kumamoto-u.ac.jp) までメールでお問い合わせ下さい。
・NextSeqシーケンス支援 申し込み様式(Library作製+シーケンス) [pdf : 78KB]
・NextSeqシーケンス支援 申し込み様式(Library作製済みシーケンス) [pdf : 70KB]
・ライフテクノロジーズ社製 Ion Proton
スループット（P1v2 chip）：約8Gb、リード長～200bp
・ライフテクノロジーズ社製 Ion PGM
スループット（318v2 chip）： 約1Gb、リード長～400bp
１） 高速シークエンシング：作成済みのlibraryを頂き配列の解読を行います。
２） ChIP-Seq ： クロマチン免疫沈降（ChIP）のDNAサンプルを頂き、DNA libraryの作成と配列の解読を行います。
３） AmpliSeq ： 任意（複数）のゲノムDNA配列をPCRで増幅し、増幅した配列を解読します。ゲノムDNAサンプルとプライマーセットを準備して頂き、libraryの作成と配列の解読を行います。
４） Exome Sequencing ： ヒトゲノムの全エクソンをPCRで増幅し、配列を解読します。ゲノムDNAサンプルとプライマーセットを頂き、libraryの作成と配列の解読を行います。Ion AmpliSeq Exome kitを使用します。
５） RNA-seq ： RNAサンプルを頂き、cDNA libraryの作成と配列の解読を行います。
６） その他のDNA、RNA配列解読についてはご相談下さい。
利用負担金を頂きます。打ち合わせ時に費用内訳をご説明します。
| Application(Ion Proton) | |||||
|---|---|---|---|---|---|
|
作成済みlibrary解析
|
Chip-Seq
|
AmpliSeq
|
Exsome解析
|
RNA-Seq
|
|
| chip費用込み |
100,000
|
120,000
|
100,000*
|
80,000
|
130,000
|
| chip自己負担 |
30,000
|
50,000
|
60,000*
|
60,000
|
|
*primer pool×1セットの費用。以降primer poolが1セット増える毎に12000円加算
１） 先ず打ち合わせをお願いします。打ち合わせ希望日時を下記までe-mailでご連絡下さい。折り返し担当者よりご連絡します。
連絡先： 臼杵
e-mail：usu@kumamoto-u.ac.jp
２） 事前の打ち合わせで方法・予定と費用を確認します。申込書はメールで書式をお送りします。
３） 調製したサンプルとサンプルのデーター、記入した申込書をお持ち下さい。サンプルには番号だけを書いて下さい。サンプルの預かり書をお渡しします。
４） 解析が終了後、メールで申込者にご連絡します。指定のURLよりデーターをダウンロードして下さい。
原則として１回につき４サンプルまで同時に受け付けます。
サンプルの濃度は、蛍光試薬を用いるQubitか、同等の物を使用して測定して下さい。
サンプルはLowTE (10 mM Tris-HCl, 0.05 mM EDTA, pH8.0) またはnuclease-free waterに溶解し、Eppendorf DNA LoBind チューブに入れて下さい。
１） 作成済みライブラリーを解析する場合
希釈済みライブラリー：濃度26 pM、70 µL。
ライブラリー（希釈前）のバイオアナライザー、またはTapeStation解析結果。解析結果からライブラリー濃度を求め、26 pMに希釈して下さい。
２） ChIP DNAのライブラリー作成から受託する場合
ChIP DNA：１サンプルにつき、10 ng DNAを50～70 µLに溶解したもの。
Chromatin DNAフラグメント（input）の2％アガロースゲル泳動像。サイズマーカーは100 bpラダーをお使い下さい。
３） AmpliSeq
ゲノム DNA サンプル：primer pool 1セットにつき、10 ng DNAを5 µL に溶解したもの。
サンプルDNAの0.8％アガロースゲル泳動像
プライマーセット
４） AmpliSeq Exome
ゲノムDNAサンプル：１サンプルにつき50～100 ng DNAを20 µLに溶解したもの。
サンプルDNAの0.8％アガロースゲル泳動像
プライマーセット
５） RNA-Seq
Poly(A)RNA：500 ngを10 µLに溶解したもの。
rRNA-depleted total RNA：500 ngを10 µLに溶解したもの。
バイオアナライザー、またはTapeStation解析結果。RIN値を出して下さい。RIN値７以上のサンプルの解析を行います。
１） ヒトゲノム・遺伝子解析研究のサンプルの場合は、熊本大学大学院生命科学研究部等ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理委員会の、ヒトゲノム・遺伝子解析研究審査結果通知書のコピーを申し込み時に提出して下さい。熊本大学以外の施設で調製されたサンプルの場合、その施設での倫理審査で承認を受けたことを示す書類のコピーを提出して下さい。
２） 解析用のサンプルには続き番号だけを書き匿名化して下さい。
