高速シークエンサーを用いたDNA配列解析の研究支援を以下の要領で行います。
支援の対象は（１）発生研の研究グループと（２）リエゾンラボ研究推進施設登録(コラボレーション)グループです。サンプルは発生医学研究に関するものを受け付けます。
・イルミナ社製 NextSeq500
【High Output】
4億シングルリード、75bp (RNA-Seq, ChIP-Seq)
8億ペアエンドリード、75bp×2
8億ペアエンドリード、150bp×2
【Mid Output】
2.6億ペアエンドリード、75bp×2
2.6億ペアエンドリード、150bp×2
※イルミナ社NextSeq500による高速シーケンス解析については、最初にお打ち合わせをした上で支援を進めます。
まずは臼杵(usu(at)kumamoto-u.ac.jp) までメールでお問い合わせ下さい。
現在、多数の依頼をお預かりしており、ライブラリー調製込みの支援に関しては1～2か月お待ちいただいています。こちらは受託会社ではなく、あくまでも共同研究をベースとした研究支援ですので、期限を指定した依頼には応じかねます。
・NGS支援 申し込み様式[RNA-Seq](Library調製+シーケンス)
・NGS支援 申し込み様式[ChIP-Seq](ChIP-DNAからLibrary調製+シーケンス)
・NGS支援 申し込み様式(Library調製済みシーケンス)
支援案内はこちら(PDF:64KB)
・ライフテクノロジーズ社製 Ion Proton
スループット（P1v2 chip）：約8Gb、リード長～200bp
・ライフテクノロジーズ社製 Ion PGM
スループット（318v2 chip）： 約1Gb、リード長～400bp
支援案内はこちら (PDF 80KB)
※対象は発生研内に限定します
次世代シーケンサー（NGS)データを用いた論文で使用されている、解析ソフトウェアを導入したLinuxサーバのリソースを提供しています。ChIP-seq,RNA-seqやsingle cell RNA-seqの解析パイプラインで使用する主なツールを導入しています。発生研内のみSSH経由でのアクセスが可能です。
利用には、最初に解析講習会への参加と利用登録が必要になります。
お問い合わせは臼杵(usu(at)kumamoto-u.ac.jp)まで。
主な利用可能ソフトウェア
fastqc,cutadapt,bwa,bowtie2,tophat2,hisat2,star,RSEM,cufflinks,homer,MACS2,samtools,bedtools,cellranger等
主な生物種のリファレンス
ヒト、マウス、ショウジョウバエ、カニクイザル等（UCSC/Ensembl/NCBI/FlyBase等各種）
１） ヒトゲノム・遺伝子解析研究のサンプルの場合は、熊本大学大学院生命科学研究部等ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理委員会の、ヒトゲノム・遺伝子解析研究審査結果通知書のコピーを申し込み時に提出して下さい。熊本大学以外の施設で調製されたサンプルの場合、その施設での倫理審査で承認を受けたことを示す書類のコピーを提出して下さい。
２） 解析用のサンプルには続き番号だけを書き匿名化して下さい。
